1. 결론
휴직 기간이 있는 근로자의 연차휴가 발생일수를 산정할 때는, 출근율 계산 시 휴직 유형을 ① 출근으로 간주해야 하는 기간, ② 소정근로일수에서 제외해야 하는 기간, ③ 결근으로 처리해도 무방한 기간의 세 가지로 구분해야 합니다.
①에는 육아휴직, 업무상 질병·재해로 인한 휴직 등 법령상 출근 의제가 인정되는 기간이, ②에는 사용자의 귀책사유로 인한 휴업기간, 가족돌봄휴직, 사용자의 허가를 받은 개인사유에 의한 휴직 등이 해당합니다. ③은 정직, 불법파업 등 근로제공 의무가 있었음에도 이행하지 않은 것과 동일하게 평가할 수 있는 기간입니다.
다만 ②, ③에 해당하는 기간을 계산할 때에도 노동관계법령에 위반되지 않는 범위에서 근로자에게 유리한 단체협약·취업규칙 등 내규가 있다면 이를 우선하여 적용해야 합니다.
2. 정리표
본 글은 사전적인 의미의 휴직뿐만이 아니라 장기간 회사를 이탈하는 경우에도 포함하여 작성합니다.
| 구분 | 처리 방식 | 해당 휴직·휴업 유형 | 출근율 계산식 영향 |
| ① 출근 간주 | 분자(출근일수)·분모(소정근로일수)에 모두 포함 | 업무상 부상·질병 휴업, 출산전후휴가, 유산·사산 휴가, 육아휴직, 배우자 출산휴가, 가족돌봄휴가, 부당해고기간 | 출근율에 불리한 영향 없음 |
| ② 소정근로일수 제외 | 분자·분모에서 모두 제외 후 비례 계산 | 사용자 귀책 휴업, (허가있는)개인사유 휴직, 적법한 쟁의행위, 가족돌봄휴직, 해외연수기간 | 휴직 비율만큼 연차일수 비례 삭감 |
| ③ 결근 처리 가능 | 분모에는 포함, 분자에서 제외 | 근로자 귀책사유로 인한 정직, 직위해제기간, 불법 파업기간 | 출근율 80% 미달 시 연차 미발생 가능 |
3. 근거법령 및 관련판례, 지침
1) 출근이 간주되는 경우
연차휴가 발생일수에 산정에 있어서, 근로기준법 제60조 제6항은 ①업무상 재해,질병으로 휴직한 기간, ②출산휴가 기간, ③육아휴직 기간을 출근한 것으로 보고 있습니다. 따라서 해당 기간에 대해서는 의심의 여지 없이 출근 기간으로 보아야 합니다.
더하여, 고용노동부 지침(모성보호와 일가정 양립 지원 업무편람, 25.04)에서는 배우자출산휴가 및 가족돌봄휴가의 경우에도 법으로 보장된 휴가를 사용한 날로서 출근한 것으로 보아야 한다고 보고 있습니다.
마지막으로, 대법원은 부당해고에 따라 근로자가 근로를 제공하지 못한 경우 또한 사용자의 부당해고로 인하여 근로자가 출근하지 못한 기간을 근로자에 대하여 불리하게 고려할 수는 없으므로 그 기간은 연간 소정근로일수 및 출근일수에 모두 산입되는 것으로 보는 것이 타당하며, 설령 부당해고기간이 연간 총근로일수 전부를 차지하고 있는 경우에도 마찬가지라고 판시하고 있습니다(대법원 2014.03.13. 선고 2011다95519 판결).
2) 소정근로일에서 제외하는 경우
소정근로일에서 제외하는 경우는 모두 출근으로 간주하는 1)과는 다르게 출근율 자체는 해당 기간을 제외하고 산정하되, 다만 출근율 산정 이후 발생하는 연차를 비례산정하는 경우입니다.
예를 들어, 만일 2026.9.30. 까지 개근한 근로자가 2026.10.01.부터 2026.12.31.까지 가족돌봄휴직을 받은 경우, 출근율은 2026.09.30. 까지의 기간을 통해 산정하여 100%지만, 발생하는 연차는 가족돌봄휴직기간인 3개월이 제외되어 9개월분의 연차휴가(15일 * 9/12)가 발생합니다.
소정근로일에서 제외하는 경우는 ①가족돌봄휴직(모성보호와 일가정 양립 지원 업무편람, 25.04), ②사용자의 승인 하 자기 개발기간, 개인 질병으로 인한 휴직(임금근로시간과-1736, 2021.08.04. 등), ③적법한 쟁의행위(파업)기간(대법원 2011다4629 판결, 2013.12.26. 선고), ④사용자의 귀책사유로 인한 휴업기간(근로개선정책과-2672, 2011.08.23. 등 다수), ⑤단순 해외발령이 아닌 실제로 해외교육 및 연수를 위한 연수기간(근기 68207-2888, 2001.09.01.) 등이 있습니다.
다만, 회사 내규(취업규칙) 및 단체협약에 있어서 이러한 기간을 소정근로일에서 제외하는 것이 아니라 출근으로 인정하는 경우 이는 근로자에게 유리한 조건이므로 해당 조건이 적용될 것입니다.
3) 결근으로 처리하는 경우
결근으로 처리하는 경우는 소정근로일은 유지하며 해당일을 결근으로 처리하는 것으로서, 출근율에 직접적인 영향을 줍니다. 이 경우, 연차의 발생 자체가 문제될 수 있습니다.
결근으로 인정되는 기간은 ①정직,직위해제 등 근로자의 사유로 인해 출근하지 못한 기간(근로기준과-3296, 2009.09.01), ②불법 파업기간(근로기준과-6657, 2004.12.13.)이 있습니다.
다만, 이러한 기간 또한 회사 내규(취업규칙) 및 단체협약에 있어서 이러한 기간을 소정근로일에서 제외하는 것이 아니라 출근으로 인정하는 경우 이는 근로자에게 유리한 조건이므로 해당 조건이 적용될 것입니다
4. 실무의견
사업장에서 전년도 출근일에 따른 연차일수를 산정함에 있어, 장기적인 이탈이 있는 경우 해당 이탈기간은 당연히 전술한 세 가지 유형 중 한 기간에 해당할 것입니다. 다만, 원칙적인 내용만 보고 판단하기보다는, 사업장 내 있을 수 있는 두 가지 변수를 세심하게 고려하여, 필요하다면 전문가 자문과 함께 판단하여야 합니다.
①휴직 또는 휴가의 명칭만으로 판단하는 것이 아닌, 휴직 유형의 정확한 분류가 필요합니다. 육아휴직만 예로 보더라도, 일부 회사는 고평법에 따라 보장되는 육아휴직이 아닌 추가적인 육아휴직을 부여하는 경우가 있습니다. 이 휴직은 ‘약정 육아휴직’으로서 고평법에 따라 육아휴직 급여등이 지급되는 ‘법정 육아휴직’과는 다릅니다. 이러한 ‘약정 육아휴직’은 동일하게 명칭은 육아휴직이나, ‘법정 육아휴직’은 출근으로 처리해야하는 반면에, ‘약정 육아휴직’은 일반 휴직과 동일하게 소정근로일에서 제외하여 산정하는 것이 원칙입니다.
②단체협약 또는 취업규칙에 정해져 있는 유리한 원칙이 있을 수 있어, 해당 부분 또한 고려하여야 합니다. 예를 들어, 위의 ‘약정 육아휴직’의 경우 법적인 원칙은 소정근로에서 제외하는 것이 원칙이나, 만일 단체협약 또는 취업규칙에 해당 기간을 출근 기간으로 본다는 규정이 있다면, 그 규정에 맞추어 연차를 산정하여야 할 것입니다.
노무법인 비원에서는 장기 휴직 후 복귀 근로자에 대한 연차 재산정 사안을 다수 자문해 왔으며, 휴직 명칭만으로 처리 방식을 단정하지 않고 휴직 신청 근거 규정과 단체협약을 함께 검토할 것을 권합니다.
5. FAQ
Q1. 1년 전체 기간동안 육아휴직만 했는데, 복귀하고 나면 연차가 전부 발생하나요?
A. 육아휴직 기간은 근로기준법 제60조 제6항에 따라 출근한 것으로 간주되므로, 출근율 80% 요건을 충족한 것으로 보아 전체 연차가 발생합니다.
Q2. 만약 한달동안 휴직을 했다면 다음 해 연차는 11/12로 일할계산되나요?
A. 휴직한 기간을 제외해도 출근일수가 80% 이상이라면, 전체 기간을 80% 이상 출근한 것으로 보아 전체 연차가 발생합니다(임금근로시간과-906, 2021.04.16.). 따라서, 휴직기간을 제외하고도 전체 근로일수가 80% 이상이고 결근이 없다는 전제 하에 연차는 정상적으로 발생합니다.
Q3. 회사의 정직처분이 노동위원회에서 취소되었는데, 정직 기간은 어떻게 판단하나요?
A. 명확한 행정해석이나 판례는 없으나 부당해고에 따라 출근하지 못한기간과 동일하게 출근으로 보는 것이 합리적이라고 판단됩니다.
Q4. 1년 전체가 개인 사유 휴직인 경우에는 연차가 발생하나요?
A. 연차 산정 기간이 되는 1년의 전체가 개인 사유 휴직인 경우 출근율 자체를 산정할 수 없으므로 연차가 미발생합니다(법제처 19-0427, 2020.02.20). 다만, 1년동안 개인 사유 휴직인 경우라도 회계년도로 연차를 부여하는 경우 각 연도별 휴직기간이 나뉘어졌을 수 있기에, 해당 부분에 대한 고려가 필요합니다.
이 글은 노무법인 비원의 공인노무사 김도명이 작성한 노동법 실무 정보입니다.
본 내용은 2026년 5월 기준의 지침, 판례, 행정해석 및 실무 경험을 바탕으로 정리되었습니다.
구체적인 판단은 사실관계에 따라 달라질 수 있으며, 정확한 검토가 필요한 경우 전문가와 상담하시기 바랍니다.