1. 결론
회계연도 기준으로 연차를 관리하는 사업장에서 근로자가 퇴직하는 경우, 원칙적으로 입사일 기준과 회계연도 기준 중 근로자에게 유리한 기준이 적용됩니다. 다만 취업규칙 등에 「퇴직 시 입사일 기준으로 재정산한다」는 별도 규정이 있다면, 회계연도 기준으로 이미 부여된 연차가 입사일 기준보다 많은 경우 그 차액은 과지급된 것으로 평가되어 정산 대상이 될 수 있습니다.
2. 법령 및 지침
(1) 퇴직 시 연차 정산의 원칙: ‘근로자에게 유리한 기준’
고용노동부는 원칙적으로 회계연도 기준으로 연차를 부여하더라도 퇴직 시 입사일 기준으로 산정한 연차일수보다 불리해서는 안 된다는 입장을 유지하고 있습니다(근기 68207-620, 2003. 5. 23.).
즉, 별도 규정이 없다면, 아래와 같이 처리됩니다.
회계연도 기준 연차일수 < 입사일 기준 연차일수 → 부족분을 추가로 부여하거나 미사용수당으로 지급
회계연도 기준 연차일수 > 입사일 기준 연차일수 → 회계연도 기준을 그대로 적용 (근로자에게 유리한 기준 우선)
(2) 취업규칙에 ‘퇴직 시 입사일 기준 재산정’ 규정이 있는 경우
다만 고용노동부는, 취업규칙 등에 「퇴직 시점에 입사일 기준으로 재산정한다」는 별도의 단서 규정이 있는 경우에는 회계연도 기준으로 이미 부여한 연차가 입사일 기준보다 많더라도 입사일 기준으로 일괄정산하는 것이 가능하다고 해석하고 있습니다(임금근로시간정책팀-489, 2008. 2. 28.)
이 경우 회계연도 기준으로 이미 부여·사용된 연차 중 입사일 기준 연차일수를 초과하는 부분은 과지급된 것으로 평가되어, 퇴직 시 미사용수당 지급이나 임금에서 공제하는 방식으로 정산이 이루어질 수 있습니다.
(3) 예시 : 회계연도 연차 및 입사일 기준 연차 정산의 차이
① 2025.07.01. 입사 이후 2026.01.02. 퇴사하는 경우
[표1] 만 1년 미만 퇴사 시 정산 차이
| 구분 | 입사일 기준 | 회계연도 기준 |
| 2025년 중 월차 발생 | 5일(8,9,10,11,12월) | 5일(8,9,10,11,12월) |
| 2026년 1.1 비례 발생 연차 | 0일 | 7.5일 |
| 2026년 중 월차 발생 | 1일(1월) | 1일(1월) |
| 도합 | 6일 | 13.5일 |
② 2025.07.01. 입사 이후 2026.07.02. 퇴사하는 경우
[표 2] 만 1년 재직 이후 퇴사 시 정산 차이
| 구분 | 입사일 기준 | 회계연도 기준 |
| 2025년 중 월차 발생 | 5일(8,9,10,11,12월) | 5일(8,9,10,11,12월) |
| 2026년 1.1 비례 발생 연차 | 0일 | 7.5일 |
| 2026년 중 월차 발생 | 6일(1,2,3,4,5,6월) | 6일(1,2,3,4,5,6월) |
| 2026년 07.01 만 1년 발생(15일) | 15일 | 0일 |
| 도합 | 26일 | 18.5일 |
(4) 재정산 공제와 관련
근로기준법 제43조는 임금의 전액 지급 원칙을 규정하고 있습니다. 따라서 퇴직 시 임금 또는 퇴직금에서 과지급분을 공제하려면, 단순히 취업규칙 규정만으로는 부족하고 근로자의 자유로운 의사에 기한 동의가 별도로 요구됩니다(대법원 2001다25184 판결, 2001. 10. 23. 선고)
3. 실무의견
실무적으로, 근로자가 장기근속(만 2년 이상)하는 경우 입사일 기준으로의 정산이 문제가 되는 경우는 드뭅니다. 현실적으로 장기근속하는 경우에는 입사일 기준이던, 회계연도 기준이던 최종 부여된 연차가 일정 부분 수렴하기 때문입니다(다만 특수한 경우 입-퇴사일이 맞물려 차이가 나게 되는 경우는 있습니다.)
따라서 일반적으로 빈번하게 문제가 되는 경우는 전술한 (3)과 같이 만 1년과 만 2년 사이의 근로자가 퇴직하는 경우에 문제가 됩니다. 다만 후자(만 1년 이후 퇴사하여 26일을 정산하여야 하는 경우)의 경우 당연히 법적으로 지급되어야 하는 내용이기에 문제가 된다고 표현하기엔 힘들고, 회사 입장에서 당황스러울 수 있기에 미리 인지하고 있어야 할 지급분입니다.
일반적으로 만 1년 미만 근로자가 회계연도 기준 연차를 부여받는 경우, ERP등에 사용 가능 연차로 표시되어 있는 등 만일 퇴사한다고 하더라도 해당 내용이 과다지급으로 공제될 수 있다는 생각을 하지 못하고 있다가 해당 내용이 공제되어 불필요한 분쟁을 일으키는 경우가 많습니다. 따라서, 사용자 입장에서는 ①입사일 정산 관련 규정을 안내하고, ②추후 있을 수 있는 공제에 대한 사전 동의를 받아두어야 불필요한 분쟁이 발생하더라도 추후 소명이 가능하다고 보입니다.
4. FAQ
Q1. 기존 취업규칙을 변경하여 ‘퇴직 시 입사일 기준 재정산’ 규정을 신설하거나 개정할 수 있나요?
A. 신설 혹은 개정은 가능하나, 일부 근로자에게 연차일수가 줄어드는 결과가 발생할 수 있으므로 취업규칙 불이익변경 절차에 해당합니다. 따라서 근로기준법 제94조에 따라 근로자 과반수(또는 근로자 과반수로 조직된 노동조합)의 동의를 받아야 합니다.
Q2. 입사일 기준 재정산 규정을 두는게 회사에 무조건 유리한가요?
A. 특수한 경우(회계연도 운영 사업장에서 만 1년 근무하기 전 퇴사하는 경우)에는 연차의 과다계산을 방지할 수 있다는 점에서 유리할 수 있으나, 이 경우에도 각 근로자별 입사일 기준 연차일수 재산정 및 재산정 결과에 따른 공제안내 및 동의 등 관리역량이 들어가기에, 회사 전체적인 운영상 무조건 유리하다고 보기에는 힘듭니다.
Q3. 근로자의 동의를 받지 않고 공제하면 안되나요?
A. 근로기준법 제43조 제1항의 전액지급 원칙의 위반이므로, 제43조 위반으로서 형사처벌의 문제가 생길 수 있습니다. 최대한 동의를 받고 진행하는 것을 추천드리며, 근로자의 입장에서도 현실적으로 규정에 어긋나지 않는 공제라면 동의하지 않을 필요가 없기에(소송을 간다 하더라도 이길 수 있는 가능성이 현저히 떨어지기에) 최대한 동의를 받아두시는 것을 추천드립니다.
이 글은 노무법인 비원의 공인노무사 김도명이 작성한 노동법 실무 정보입니다.
본 내용은 2026년 4월 기준의 지침 및 실무 경험을 바탕으로 정리되었습니다.
구체적인 판단은 사실관계에 따라 달라질 수 있으며, 정확한 검토가 필요한 경우 전문가와 상담하시기 바랍니다.